وفي عام 1999، ذهب مجتبى إلى مدينة قم المقدسة، التي تعتبر مركزًا مهمًا للاهوت الشيعي، لمواصلة دراساته الدينية. ومن الملاحظ أنه لم يلبس الجلباب الكتابي حتى هذا الوقت، وليس من الواضح لماذا قرر الالتحاق بالحوزة في سن الثلاثين، فمن الطبيعي أن يفعل المرء ذلك في سن مبكرة.
